Trước đây, Thiệu Khánh là một xã thuộc huyện Thiệu Hóa.

Ngày 29 tháng 2 năm 2012, xã Thiệu Khánh được chuyển từ huyện Thiệu Hóa về thành phố Thanh Hóa.[3]

Ngày 9 tháng 12 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết 1108/NQ-UBTVQH14 về việc thành lập các phường thuộc thành phố Thanh Hóa (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2021)[1]. Theo đó, thành lập phường Thiệu Khánh trên cơ sở toàn bộ 5,32 km² diện tích tự nhiên và 12.425 người của xã Thiệu Khánh.